Ανάμεσα στους στόχους του ΕΔΑΕ είναι:


- η ανάπτυξη βασικής ή εφαρμοσμένης έρευνας στα αντικείμενα των επιμέρους κατευθύνσεων.


- η υποστήριξη της αρχαιολογικής έρευνας που πραγματοποιείται στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας με καινοτομία και καλές πρακτικές.


- η προώθηση της διεπιστημονικότητας και της διαθεματικότητας της αρχαιολογικής έρευνας και η συνεργασία κάθε μορφής με κέντρα ερευνών και ακαδημαϊκά ιδρύματα ημεδαπής και αλλοδαπής εφόσον οι στόχοι συμπίπτουν, συμβαδίζουν και αλληλοσυμπληρώνονται με εκείνους του εργαστηρίου, καθώς και με φορείς και υπηρεσίες του δημοσίου.


- η κάλυψη σε προπτυχιακό και μεταπτυχιακό επίπεδο διδακτικών και ερευνητικών αναγκών του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας και άλλων Τμημάτων του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης σε θέματα που εμπίπτουν στα γνωστικά αντικείμενα/κατευθύνσεις του εργαστηρίου


- η εκπαίδευση (θεωρητική και πρακτική άσκηση) ειδικευμένων επιστημόνων στα γνωστικά αντικείμενα/κατευθύνσεις που καλύπτει το εργαστήριο


- η διοργάνωση επιστημονικών διαλέξεων, ημερίδων, σεμιναρίων, συμποσίων, συνεδρίων και άλλων επιστημονικών εκδηλώσεων,


- η πραγματοποίηση δημοσιεύσεων και εκδόσεων και πρόσκληση Ελλήνων και ξένων αναγνωρισμένου κύρους επιστημόνων.


- η συλλογή, επεξεργασία, αποθήκευση και διάθεση δεδομένων.


- η ανάληψη συμβουλευτικών ή αναπτυξιακών έργων και μελετών με σκοπό την ικανοποίηση των αναγκών της κοινωνίας.


- η σύνδεση με την κοινωνία και την εκπαίδευση μέσω καινοτόμων πρακτικών.